刑事自诉案件的管辖法院确定方式如下：
1、刑事自诉案件一般由犯罪行为地的人民法院管辖。犯罪行为地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。
2、如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。被告人的居住地是指被告人的户籍所在地，或者其经常居住地。经常居住地是指被告人离开户籍所在地最后连续居住一年以上的地方，但住院就医的除外。
3、几个法院都有管辖权的，由最先受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
4、对于自诉案件，被害人有权向人民法院直接起诉。被害人死亡或者丧失行为能力的，被害人的法定代理人、近亲属有权向人民法院起诉。人民法院应当依法受理。
需要注意的是，确定刑事自诉案件的管辖法院应当综合考虑案件的具体情况和法律规定，以确保案件得到公正、及时的审理。相关法律依据主要来源于《中华人民共和国刑事诉讼法》及其司法解释。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十条 基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十五条 刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。
