违法所得通常由以下机关依法予以没收：
1、公安机关：在办理刑事案件中，对于涉嫌犯罪的违法所得，公安机关有权采取侦查措施，包括查封、扣押、冻结等，最终由法院判决后依法没收。
2、人民检察院：在审查起诉过程中，对于涉及的违法所得进行审查，并在提起公诉时提出相关的处理意见。
3、人民法院：作为最终的审判机关，根据法律规定和案件事实，对认定的违法所得作出没收的判决。
4、行政机关：在处理行政违法案件时，如果存在违法所得，相应的行政机关依据法律法规有权予以没收。例如，市场监管部门在处理不正当竞争案件时，可没收违法所得。
需要注意的是，不同类型的违法案件以及不同的法律规定，可能会导致没收违法所得的主体有所差异。但总体原则是依法依规，保障法律的公正和权威。
法律依据：
《刑事诉讼法》第三百条 人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。对于人民法院依照前款规定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人或者人民检察院可以提出上诉、抗诉。
