不起诉不一定会留案底。
不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情况。
法定不起诉是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。这种情况下，不会留下案底。因为被不起诉人本身就不存在犯罪行为。
酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这种情形，一般也不会留下案底。但在某些特殊情况下，例如相关部门有特殊的规定或者要求，可能会有一定的记录，但这并非严格意义上的案底。
证据不足不起诉是指人民检察院对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。在这种情况下，如果之后有新的证据能够证明犯罪事实，案件仍有可能被重新提起，若最终被认定有罪则可能会留下案底；若一直没有新的证据证明有罪，通常不会留下案底。
总之，不起诉是否会留案底，要根据具体的不起诉类型以及相关法律法规和政策的规定来确定。
法律依据：
《刑事诉讼法》第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
