不起诉不一定会留案底。
案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。在刑事诉讼中，如果检察院作出不起诉决定，通常分为三种情况：法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉。
法定不起诉是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。这种情况下不会留案底，因为被不起诉人根本就未被认定为犯罪。
酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这种情况可能不会留案底，但在某些特殊情况下，比如相关机关的内部记录中，可能会有相关信息留存。
证据不足不起诉是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种情况一般也不会留案底，因为证据不足意味着不能充分证明犯罪事实的存在。
总之，不起诉是否会留案底，需要根据不起诉的具体类型和相关法律规定及实际情况来综合判断。
法律依据：
《刑事诉讼法》第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
